Hiện nay, Việt Nam đang phải đối mặt với thách thức lớn về tình trạng ô nhiễm nguồn nước, đặc biệt là tại các khu công nghiệp và đô thị. Tại các thành phố lớn, lượng nước thải chưa qua xử lý của hàng trăm cơ sở sản xuất công nghiệp xả thẳng ra môi trường là nguyên nhân chính gây ô nhiễm môi trường nguồn nước.
Tại một số các thành phố lớn, thị xã và thị trấn chỉ một số khu vực dân cư có hệ thống cống rãnh thải nước thải sinh hoạt song hệ thống này thường dùng chung với hệ thống thoát nước mưa thải trực tiếp ra môi trường tự nhiên hoặc ao hồ hoặc sông suối hoặc thải ra biển. Hầu như không có hệ thống thu gom và trạm xử lý nước thải sinh hoạt riêng biệt.

Xử lý nước thải tại các đô thị lớn đang gặp nhiều khó khăn.

Không chỉ ở Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh mà ở các đô thị khác như Hải Phòng, Huế, Ðà Nẵng, Nam Ðịnh, Hải Dương… nước thải sinh hoạt cũng không được xử lý độ ô nhiễm nguồn nước nơi tiếp nhận nước thải đều vượt quá tiểu chuẩn cho phép (TCCP), các thông số chất lơ lửng (SS), BOD; COD; Ô xy hoà tan (DO) đều vượt từ 5-10 lần, thậm chí 20 lần TCCP.
Về tình trạng ô nhiễm nước ở nông thôn và khu vực sản xuất nông nghiệp, hiện nay Việt Nam có gần 76% dân số đang sinh sống ở nông thôn là nơi cơ sở hạ tầng còn lạc hậu, phần lớn các chất thải của con người và gia súc không được xử lý nên thấm xuống đất hoặc bị rửa trôi, làm cho tình trạng ô nhiễm nguồn nước về mặt hữu cơ và vi sinh vật ngày càng cao. Theo báo cáo của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, số vi khuẩn E. coliform trung bình biến đổi từ 1.500- 3.500MNP/100ml ở các vùng ven sông Tiền và sông Hậu, tăng lên tới 3800- 12.500MNP/100ML ở các kênh tưới tiêu. 
Nước thải được xử lý cơ bản qua bể tự hoại tại các đô thị, khu dân cư tập trung có hàm lượng hợp chất hữu cơ cao  (lên đến 60-70%), mùi hôi, BOD, dầu mỡ cao, vi khuẩn gây bệnh. Những hệ thông đang được vận hành đã  cũ, xuống cấp và các cơ sở nội thành có diện tích chật hẹp, hết diện tích cho việc mở rộng, cải tạo. Đồng thời việc trường hợp nước thải đã qua bể tự hoại thì phải thường xuyên bổ sung chất dinh dưỡng cho vi sinh hoạt động.
Một trong những công nghệ xử lý nước thải tiên tiến tiến là Jokaso đến từ Nhật Bản với phương pháp xử lý tại nguồn không qua bể tự hoại . Hàng loạt ưu điểm gồm vận hành gần như tự động, không gây mùi hôi ra môi trường xung quanh, có thể mở rộng công suất hoạt động, lắp đặt linh hoạt được xem là giải pháp hiệu quả cao cho các nhà hàng, khách sạn, tòa nhà, phòng khám, cơ sở sản xuất có diện tích hạn chế để xử lý nước thải.

Mô hình Jakaso

Trong quy trình xử lý theo công nghệ Jokaso, nước thải (từ các nguồn sinh hoạt và bếp ăn) được thu gom trực tiếp về hệ thống mà không cần đưa qua bể tự hoại 3 ngăn như những hệ thống thông thường.
Nước thải được đưa vào ngăn số 1 – yếm khí, chảy qua vùng đệm giá thể vi sinh có chứa sinh khối dị dưỡng để xuống đáy rồi thông khoang sang ngăn số 2 – hiếu khí. Ngăn số 2 có hệ thống sục khí dưới đáy có chứa giá thể vi sinh, đưa chu trình nước đi từ đáy lên bề mặt rồi chảy tràn sang ngăn thứ 3 – lắng bùn và khử trùng. Nước sau quá trình xử lý bằng hệ thống này đạt tiêu chuẩn QCVN 14:2008/BTNMT.
Chất lượng xử lý nước thải được quyết định ở ngăn thứ ba phụ thuộc vào chất liệu màng sinh học được sử dụng. Chất lượng màng sinh học càng cao thì hiệu quả xử lý và giá thành của hệ thống càng cao. Kỹ thuật màng lọc cao cho phép xử lý gần như triệt để các thành phần nước thải như BOD 2,3mg/l, N 8mg/l, tổng chất rắn lơ lửng TSS