Từ lâu, các nhà nghiên cứu đã mê mẩn trước số lượng các khối cự thạch được sử dụng để xây dựng nên công trình này. Mới đây, họ còn bắt gặp hiện tượng từ trường dị biệt ở Puma Punku!
Nhà văn kiêm nhà nghiên cứu người Mỹ Brien Foerster đã phát hiện một từ trường không lớn, được sinh ra bởi một số khối đá ở Puma Punku. Sử dụng la bàn, Foerster đã chỉ ra những khối đá cụ thể nào phát ra từ trường kỳ lạ. Khi sự thật được chứng tỏ, bí mật của công trình cự thạch còn trở nên khác thường hơn nữa.
Theo kiến thức hiện nay về Puma Punku, đá dùng để xây dựng công trình này được cắt chính xác đến mức chúng ghép khít vào nhau mà không cần dùng chất kết dính (vôi vữa). Khe hở giữa các khối đá hẹp đến mức không thể nhét tờ giấy vào được. Giới khoa học không đưa ra câu trả lời về vấn đề người cổ đại đã chế tác và vận chuyển những khối đá khác thường ấy bằng cách nào.
Tuy nhiên, văn hóa dân gian địa phương, đặc biệt là những câu chuyện kể, truyền từ thế hệ này sang thế hệ khác trong các bộ lạc da đỏ đã hé lộ câu trả lời. Theo cuốn sách của tác giả David D. Zink (Mỹ) dưới tựa đề “Những tảng đá cổ đại kể chuyện”, những thổ dân đã kể về chuyện người
Tiahuanaco có được sức mạnh siêu nhiên trong thời kỳ gọi là Chamac Pacha, trước giai đoạn nền văn minh Inca phát triển. Những người Tiahuanaco có thể nâng được những khối đá lớn và đưa thẳng đến nơi xây dựng nhờ thực hiện kỹ thuật giữ các khối đá lơ lửng trong không khí (trạng thái levitation).
Câu chuyện trên đây tất nhiên nghe có vẻ phi lý, tuy nhiên điều thú vị là nó phù hợp với sự thật là Puma Punku nằm trên độ cao 3.900 mét, tức là trên đường giới hạn cây gỗ tự nhiên (biên giới địa lý thiên nhiên chia vùng thấp có cây rừng và vùng cao nơi cây cối không thể mọc được). Từ đây một câu hỏi đặt ra là người xưa đã vận chuyển các khối đá lớn như thế nào? Tại Ai Cập cổ đại, việc vận chuyển các khối đá có thể dựa trên những con lăn bằng gỗ từ thân cây. Tại khu vực Puma Punku không có cây gỗ, vậy thì người cổ đại khi xưa đã di chuyển những khối cự thạch nặng hàng trăm tấn lên đỉnh núi như thế nào?
Lưu ý đến những bức xạ điện từ còn sót lại từ một số khối đá ở Puma Punku, liệu chúng ta có thể đưa ra giả thuyết là “lực siêu nhiên” mà những người da đỏ mô tả, trong thực tế chẳng qua là công nghệ sử dụng các nam châm điện khổng lồ? Có khả năng là những người Tiahuanaco và Puma Punku đã sử dụng loại công nghệ mà khi đó được coi là phép màu? Nếu đúng như vậy thì phải chăng nền văn hóa cổ đại đã tiếp xúc với công nghệ tiên tiến?